diff --git a/deepvariant/postprocess_variants.py b/deepvariant/postprocess_variants.py index 9e7c5e00..263b8ecc 100644 --- a/deepvariant/postprocess_variants.py +++ b/deepvariant/postprocess_variants.py @@ -467,7 +467,8 @@ def uncall_gt_if_no_ad(variant: variants_pb2.Variant) -> None: if sum(variantcall_utils.get_ad(vcall)) == 0: # Set GT to ./.; GLs set to 0; GQ=0 vcall.genotype[:] = [-1, -1] - vcall.genotype_likelihood[:] = [0, 0] + n_alleles = 1 + len(variant.alternate_bases) + vcall.genotype_likelihood[:] = [0.0] * (n_alleles * (n_alleles + 1) // 2) variantcall_utils.set_gq(vcall, 0) diff --git a/deepvariant/postprocess_variants_test.py b/deepvariant/postprocess_variants_test.py index 6960730f..3baf5f0b 100644 --- a/deepvariant/postprocess_variants_test.py +++ b/deepvariant/postprocess_variants_test.py @@ -1441,8 +1441,33 @@ def test_variants_are_equal(self, variant_1, variant_2, variants_are_equal): ), ) def test_uncall_gt_if_no_ad(self, variant, expected_gt): + original_variant = copy.deepcopy(variant) postprocess_variants.uncall_gt_if_no_ad(variant) self.assertEqual(variant.calls[0].genotype, expected_gt) + if sum(variantcall_utils.get_ad(original_variant.calls[0])): + self.assertEqual(variant, original_variant) + + @parameterized.parameters((['C'], 3), (['C', 'G'], 6)) + def test_uncall_gt_if_no_ad_retains_diploid_likelihood_count( + self, alternate_bases, expected_count + ): + variant = _create_variant( + '1', + 1, + 'A', + alternate_bases, + 0.0, + dv_vcf_constants.DEEP_VARIANT_NO_CALL, + [0, 0], + 25, + [-1.0] * expected_count, + [0] * (len(alternate_bases) + 1), + ) + postprocess_variants.uncall_gt_if_no_ad(variant) + call = variant.calls[0] + self.assertEqual(list(call.genotype), [-1, -1]) + self.assertEqual(list(call.genotype_likelihood), [0.0] * expected_count) + self.assertEqual(variantcall_utils.get_gq(call), 0) @parameterized.parameters( ( diff --git a/deepvariant/testdata/golden.vcf_candidate_importer_postprocess_single_site_output.vcf b/deepvariant/testdata/golden.vcf_candidate_importer_postprocess_single_site_output.vcf index 6718b7da..21d55a70 100644 --- a/deepvariant/testdata/golden.vcf_candidate_importer_postprocess_single_site_output.vcf +++ b/deepvariant/testdata/golden.vcf_candidate_importer_postprocess_single_site_output.vcf @@ -20,25 +20,25 @@ ##DeepVariant_version=1.10.0 ##contig= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878 -chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59777553 . G GTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59804673 . GATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT G 1.2 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59848584 . 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C CCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGATCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCTAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGATCTACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCTGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGACCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCCGCCAACTGCCCCAGGTCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGTCACCTGTCCCAGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGT 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59912354 . A ATGATGATAATGATGGTGGTATGATGATGTGGATGGTAATGGTGATGATAACAGTGGATAATGATGGCAATGCAAGTGATGATATTGATGATGATGGTGATGACAGTGCTGATAATGATCATAATGGTGATGATGATGATGGTGATTATTGTAATAGTGATGACAGTGATGATGATAATGATGGTGATAAGAGTGGATAATGATAATAATGATGATGGTGATTTTAATAGTGATGATGATGTTAAGATGATTATGGTGATGATGATAGTGATGATGATGGTGATGATAACAGTGGATAC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59928659 . A ACTGCCTTCCTCCCCCTCCTCCCCATCTTTCTCCCCTTCCCCCTCCCCCCTCCTCTGTCTTCCCCCTACTCCTCCCCTTCTCCCTCCCCCTTCTCCCCCTCTTCCTCCCCTTCCCCCCTCCTCTTCCCCCCTCCTCCTCCTCCCCTTCCCCCTCCCATTACCCCTTCTCCTCCTCCTCTTCCTCCCCCTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCTTCCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCCCTGTTCCCCTTTTCCTCTGGAAGGCGATGAGAATACAGTATGATGATTCACCCTTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTACTCTTCCTCCCCCTCCTCCTCCCTCTCCCCTCCCTCTCCTTCCCCTCCCTCCTCCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCTCTTCTTCCTCCCTTCCCCCTCCTCCTCCTCCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTGTTCCCCTTTTCCTCTGGAAGGTGATGAGAGTACAGTATGATGATTCACCCTCCCCCCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCTCTTCCCCCTCCACCTCTT 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59951039 . T TTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTGATGATAGTGGGGTTTATTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGCTGATAATGGTGTGGTTTGTTGATGATAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGGTGGCGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTATGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTGGTGGTGATGATGTAGTTTGTTGATGGTAGCGTGATGTTCTTGGTGCTGGTGGTGGTGATGATGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATAGTGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGATGCTGGTGATGGTATTGGTGATGGTGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTCGTGGTGGTGGTGTGGTTTGTCGATGGTAGTGTGGTGGTCTTGGTGCTGGTGGTTGTCGTGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTGGTGATGTGGTTTGTTGATGATAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGGTAGTGATGGTGTGGTTTGC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59958678 . G GATACATATCTATATATGATATATATGAATATATGAATATATGATACGTATGAATATATATGATATATATGGATATATGATACGTATGAATATATATCATATATGTATATATGATATGATATATATATGAATATATGATATATATGAACATATATATGGATATTATGAATATATATGATATATATGAATATATATGGATATATATGAATATATATGATATATGAATATATATGGATATATATGAATATATATGATTGATATATATCATATATGTATGCATATATGTGATATATATCATATATGA 0.3 NoCall . 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C CCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59777553 . 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T TCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCTAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTGCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGTTTCCCCCACGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTC 0.3 NoCall . 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C CCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGATCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCTAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGATCTACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCTGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGACCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCCGCCAACTGCCCCAGGTCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGTCACCTGTCCCAGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGT 0.4 NoCall . 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A ACTGCCTTCCTCCCCCTCCTCCCCATCTTTCTCCCCTTCCCCCTCCCCCCTCCTCTGTCTTCCCCCTACTCCTCCCCTTCTCCCTCCCCCTTCTCCCCCTCTTCCTCCCCTTCCCCCCTCCTCTTCCCCCCTCCTCCTCCTCCCCTTCCCCCTCCCATTACCCCTTCTCCTCCTCCTCTTCCTCCCCCTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCTTCCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCCCTGTTCCCCTTTTCCTCTGGAAGGCGATGAGAATACAGTATGATGATTCACCCTTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTACTCTTCCTCCCCCTCCTCCTCCCTCTCCCCTCCCTCTCCTTCCCCTCCCTCCTCCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCTCTTCTTCCTCCCTTCCCCCTCCTCCTCCTCCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTGTTCCCCTTTTCCTCTGGAAGGTGATGAGAGTACAGTATGATGATTCACCCTCCCCCCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCTCTTCCCCCTCCACCTCTT 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59951039 . 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