From 28b5477550929ae688bf8d3de5700881d3a7b0e0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: saganezov Date: Sun, 27 Sep 2026 13:37:39 +0100 Subject: [PATCH 1/2] Fix genotype likelihood cardinality for zero-depth diploid calls When sum(AD) is zero, the no-call path writes two likelihood entries regardless of the allele count. Allocate n_alleles * (n_alleles + 1) / 2 entries to match the existing diploid genotype representation. Preserve GT=./., GQ=0, and neutral likelihoods. Add biallelic and multiallelic regression coverage and verify positive-depth calls remain unchanged. --- deepvariant/postprocess_variants.py | 3 ++- deepvariant/postprocess_variants_test.py | 25 ++++++++++++++++++++++++ 2 files changed, 27 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/deepvariant/postprocess_variants.py b/deepvariant/postprocess_variants.py index 9e7c5e00..263b8ecc 100644 --- a/deepvariant/postprocess_variants.py +++ b/deepvariant/postprocess_variants.py @@ -467,7 +467,8 @@ def uncall_gt_if_no_ad(variant: variants_pb2.Variant) -> None: if sum(variantcall_utils.get_ad(vcall)) == 0: # Set GT to ./.; GLs set to 0; GQ=0 vcall.genotype[:] = [-1, -1] - vcall.genotype_likelihood[:] = [0, 0] + n_alleles = 1 + len(variant.alternate_bases) + vcall.genotype_likelihood[:] = [0.0] * (n_alleles * (n_alleles + 1) // 2) variantcall_utils.set_gq(vcall, 0) diff --git a/deepvariant/postprocess_variants_test.py b/deepvariant/postprocess_variants_test.py index 6960730f..3baf5f0b 100644 --- a/deepvariant/postprocess_variants_test.py +++ b/deepvariant/postprocess_variants_test.py @@ -1441,8 +1441,33 @@ def test_variants_are_equal(self, variant_1, variant_2, variants_are_equal): ), ) def test_uncall_gt_if_no_ad(self, variant, expected_gt): + original_variant = copy.deepcopy(variant) postprocess_variants.uncall_gt_if_no_ad(variant) self.assertEqual(variant.calls[0].genotype, expected_gt) + if sum(variantcall_utils.get_ad(original_variant.calls[0])): + self.assertEqual(variant, original_variant) + + @parameterized.parameters((['C'], 3), (['C', 'G'], 6)) + def test_uncall_gt_if_no_ad_retains_diploid_likelihood_count( + self, alternate_bases, expected_count + ): + variant = _create_variant( + '1', + 1, + 'A', + alternate_bases, + 0.0, + dv_vcf_constants.DEEP_VARIANT_NO_CALL, + [0, 0], + 25, + [-1.0] * expected_count, + [0] * (len(alternate_bases) + 1), + ) + postprocess_variants.uncall_gt_if_no_ad(variant) + call = variant.calls[0] + self.assertEqual(list(call.genotype), [-1, -1]) + self.assertEqual(list(call.genotype_likelihood), [0.0] * expected_count) + self.assertEqual(variantcall_utils.get_gq(call), 0) @parameterized.parameters( ( From fbc6c1681bfbb283f30cad3c28af3a5c76bfc9ae Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: saganezov Date: Mon, 28 Sep 2026 17:41:26 +0100 Subject: [PATCH 2/2] Update zero-depth PL expectations in postprocessing golden fixture Update 22 zero-depth biallelic records from PL=0,0 to PL=0,0,0 to match the diploid likelihood cardinality correction in 28b54775. Preserve all other fields and headers. This completes the golden fixture update for the existing production-code fix. --- ...mporter_postprocess_single_site_output.vcf | 44 +++++++++---------- 1 file changed, 22 insertions(+), 22 deletions(-) diff --git a/deepvariant/testdata/golden.vcf_candidate_importer_postprocess_single_site_output.vcf b/deepvariant/testdata/golden.vcf_candidate_importer_postprocess_single_site_output.vcf index 6718b7da..21d55a70 100644 --- a/deepvariant/testdata/golden.vcf_candidate_importer_postprocess_single_site_output.vcf +++ b/deepvariant/testdata/golden.vcf_candidate_importer_postprocess_single_site_output.vcf @@ -20,25 +20,25 @@ ##DeepVariant_version=1.10.0 ##contig= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878 -chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59777553 . G GTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59804673 . GATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT G 1.2 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59848584 . T TTGGGGAGTACCGTGTGCAGTTTGGGGGAGTATTGGGGGAGTACCATGTGCAGTTTGGGGGAGGACCATGTGCAGTTTAGGGGAGTACCGTGTGCAGTTTGGGGGAGTATTGGGGAAGTACCATGTGCAGTTTGGGGGAATACCATGTGCAACTTGGGGGAGTACCATGCACAGCTT 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59858360 . G GGTGTGTGATGTACGTGCATTTGCACGCGTGTGCTGTGGC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59858389 . C CGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGAT 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59865298 . GTTTATCCCGATATCCAATGAGACTTGCTGGA G 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59884412 . CGAGTTTCCAGAACCATGCAGGTGTGCATAGAGGTGTTCAGCTGTCTTCCTT C 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59904402 . T TCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCTAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTGCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGTTTCCCCCACGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTC 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59904405 . C CCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCCCACGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59906638 . C CCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGATCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCTAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGATCTACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCTGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGACCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCCGCCAACTGCCCCAGGTCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGTCACCTGTCCCAGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGT 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59912354 . A ATGATGATAATGATGGTGGTATGATGATGTGGATGGTAATGGTGATGATAACAGTGGATAATGATGGCAATGCAAGTGATGATATTGATGATGATGGTGATGACAGTGCTGATAATGATCATAATGGTGATGATGATGATGGTGATTATTGTAATAGTGATGACAGTGATGATGATAATGATGGTGATAAGAGTGGATAATGATAATAATGATGATGGTGATTTTAATAGTGATGATGATGTTAAGATGATTATGGTGATGATGATAGTGATGATGATGGTGATGATAACAGTGGATAC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59928659 . A ACTGCCTTCCTCCCCCTCCTCCCCATCTTTCTCCCCTTCCCCCTCCCCCCTCCTCTGTCTTCCCCCTACTCCTCCCCTTCTCCCTCCCCCTTCTCCCCCTCTTCCTCCCCTTCCCCCCTCCTCTTCCCCCCTCCTCCTCCTCCCCTTCCCCCTCCCATTACCCCTTCTCCTCCTCCTCTTCCTCCCCCTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCTTCCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCCCTGTTCCCCTTTTCCTCTGGAAGGCGATGAGAATACAGTATGATGATTCACCCTTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTACTCTTCCTCCCCCTCCTCCTCCCTCTCCCCTCCCTCTCCTTCCCCTCCCTCCTCCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCTCTTCTTCCTCCCTTCCCCCTCCTCCTCCTCCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTGTTCCCCTTTTCCTCTGGAAGGTGATGAGAGTACAGTATGATGATTCACCCTCCCCCCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCTCTTCCCCCTCCACCTCTT 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59951039 . T TTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTGATGATAGTGGGGTTTATTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGCTGATAATGGTGTGGTTTGTTGATGATAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGGTGGCGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTATGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTGGTGGTGATGATGTAGTTTGTTGATGGTAGCGTGATGTTCTTGGTGCTGGTGGTGGTGATGATGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATAGTGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGATGCTGGTGATGGTATTGGTGATGGTGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTCGTGGTGGTGGTGTGGTTTGTCGATGGTAGTGTGGTGGTCTTGGTGCTGGTGGTTGTCGTGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTGGTGATGTGGTTTGTTGATGATAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGGTAGTGATGGTGTGGTTTGC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59958678 . G GATACATATCTATATATGATATATATGAATATATGAATATATGATACGTATGAATATATATGATATATATGGATATATGATACGTATGAATATATATCATATATGTATATATGATATGATATATATATGAATATATGATATATATGAACATATATATGGATATTATGAATATATATGATATATATGAATATATATGGATATATATGAATATATATGATATATGAATATATATGGATATATATGAATATATATGATTGATATATATCATATATGTATGCATATATGTGATATATATCATATATGA 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59958834 . TATATATGAAGATATATATGC T 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59965316 . C CGGTCATAGGGTGCCCATAGTGCCGTGTCTGGGAAACCCCGATTGAGATCGTGCAGTCATAGGGTGCCCATAGCACCATGTCTAGGAAACCCCGATTGGGTTCGTGCAGTCGTAGGGTGCCCATAGTGCCGTGTCTGGGAAACCCCAATTGAGATCGTAT 0.6 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59965633 . G GCGGTCATAGGGTGCCCATAGTCCCGTGTCTGGGAAGCCCCAATTGAGATCGTA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59965721 . A AACCCCAATTGAGATCGTACGGTCATAGGGTGCCCATAGTGCCGTGTCTGGGAAACCCCGATTGAGATCGTGCGGTCATAGGGTGCCCATAGCACCGTGTCTGGGAG 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 -chr20 59974166 . AAAAACCCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCCGGACTGCGGACTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCTTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCC A 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0 +chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59777553 . G GTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59804673 . GATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT G 1.2 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59848584 . T TTGGGGAGTACCGTGTGCAGTTTGGGGGAGTATTGGGGGAGTACCATGTGCAGTTTGGGGGAGGACCATGTGCAGTTTAGGGGAGTACCGTGTGCAGTTTGGGGGAGTATTGGGGAAGTACCATGTGCAGTTTGGGGGAATACCATGTGCAACTTGGGGGAGTACCATGCACAGCTT 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59858360 . G GGTGTGTGATGTACGTGCATTTGCACGCGTGTGCTGTGGC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59858389 . C CGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGAT 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59865298 . GTTTATCCCGATATCCAATGAGACTTGCTGGA G 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59884412 . CGAGTTTCCAGAACCATGCAGGTGTGCATAGAGGTGTTCAGCTGTCTTCCTT C 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0 +chr20 59904402 . T TCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCTAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTGCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGTTTCCCCCACGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTC 0.3 NoCall . 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C CCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGATCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCTAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGATCTACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCTGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGACCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCCGCCAACTGCCCCAGGTCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGTCACCTGTCCCAGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGT 0.4 NoCall . 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