统一 Ruff 版本来源并完善 SQLAlchemy 2.1 内存数据库兼容性 #532

背景

#531 升级 click、uvicorn 和 Ruff。审查发现 Ruff 的 uv.lock 与 pre-commit 独立版本配置会再次漂移；同时 SQLAlchemy/greenlet 的锁定版本落后于发布安装路径，候选新版本通过完整回归但提示内存 SQLite URI 自动选池行为即将变化。

范围

• 在 fix(deps): refresh dependencies and stabilize linting and SQLite pooling #531 原分支将 Ruff hooks 改为使用 uv 锁定开发环境，保留 Python/pyi/notebook 文件筛选语义。
• 将 SQLAlchemy 升至 2.1.1、greenlet 升至 3.5.6。
• 显式保留内存 SQLite URI 的 StaticPool 行为，避免未来默认连接池变化影响数据库生命周期；保持文件数据库行为。
• 添加无弃用警告和内存数据库连接行为回归，同步相关文档。
• 执行 ./scripts/doctor.sh 和必要验证，提交推送并更新 fix(deps): refresh dependencies and stabilize linting and SQLite pooling #531 描述，等待人工审核。

验收

• Ruff hook 与 uv.lock 使用同一个版本来源。
• SQLAlchemy/greenlet 升级并有内存 URI 连接池回归保护。
• 完整验证通过，PR 描述与最终变更一致。

关联 #531。

实现提交为 10593d0，已推送至 #531 原分支。doctor 831 项测试通过，覆盖率 93.33%，依赖漏洞审计无已知漏洞；SQLAlchemy 2.0.54 数据库与 task-store 回归 48/48 通过。最新远端 5 项检查全部通过，PR 描述已更新，等待人工审核合并。