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Fix genotype likelihood cardinality for zero-depth diploid calls #1103

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Fix genotype likelihood cardinality for zero-depth diploid calls #1103

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28b5477
Fix genotype likelihood cardinality for zero-depth diploid calls
aganezov Sep 27, 2026
fbc6c16
Update zero-depth PL expectations in postprocessing golden fixture
aganezov Sep 28, 2026
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3 changes: 2 additions & 1 deletion deepvariant/postprocess_variants.py
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Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -467,7 +467,8 @@ def uncall_gt_if_no_ad(variant: variants_pb2.Variant) -> None:
if sum(variantcall_utils.get_ad(vcall)) == 0:
# Set GT to ./.; GLs set to 0; GQ=0
vcall.genotype[:] = [-1, -1]
vcall.genotype_likelihood[:] = [0, 0]
n_alleles = 1 + len(variant.alternate_bases)
vcall.genotype_likelihood[:] = [0.0] * (n_alleles * (n_alleles + 1) // 2)
variantcall_utils.set_gq(vcall, 0)


Expand Down
25 changes: 25 additions & 0 deletions deepvariant/postprocess_variants_test.py
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Expand Up @@ -1441,8 +1441,33 @@ def test_variants_are_equal(self, variant_1, variant_2, variants_are_equal):
),
)
def test_uncall_gt_if_no_ad(self, variant, expected_gt):
original_variant = copy.deepcopy(variant)
postprocess_variants.uncall_gt_if_no_ad(variant)
self.assertEqual(variant.calls[0].genotype, expected_gt)
if sum(variantcall_utils.get_ad(original_variant.calls[0])):
self.assertEqual(variant, original_variant)

@parameterized.parameters((['C'], 3), (['C', 'G'], 6))
def test_uncall_gt_if_no_ad_retains_diploid_likelihood_count(
self, alternate_bases, expected_count
):
variant = _create_variant(
'1',
1,
'A',
alternate_bases,
0.0,
dv_vcf_constants.DEEP_VARIANT_NO_CALL,
[0, 0],
25,
[-1.0] * expected_count,
[0] * (len(alternate_bases) + 1),
)
postprocess_variants.uncall_gt_if_no_ad(variant)
call = variant.calls[0]
self.assertEqual(list(call.genotype), [-1, -1])
self.assertEqual(list(call.genotype_likelihood), [0.0] * expected_count)
self.assertEqual(variantcall_utils.get_gq(call), 0)

@parameterized.parameters(
(
Expand Down
44 changes: 22 additions & 22 deletions deepvariant/testdata/golden.vcf_candidate_importer_postprocess_single_site_output.vcf
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Expand Up @@ -20,25 +20,25 @@
##DeepVariant_version=1.10.0
##contig=<ID=chr20,length=63025520>
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NA12878
chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59777553 . G GTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59804673 . GATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT G 1.2 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59848584 . T TTGGGGAGTACCGTGTGCAGTTTGGGGGAGTATTGGGGGAGTACCATGTGCAGTTTGGGGGAGGACCATGTGCAGTTTAGGGGAGTACCGTGTGCAGTTTGGGGGAGTATTGGGGAAGTACCATGTGCAGTTTGGGGGAATACCATGTGCAACTTGGGGGAGTACCATGCACAGCTT 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59858360 . G GGTGTGTGATGTACGTGCATTTGCACGCGTGTGCTGTGGC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59858389 . C CGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGAT 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59865298 . GTTTATCCCGATATCCAATGAGACTTGCTGGA G 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59884412 . CGAGTTTCCAGAACCATGCAGGTGTGCATAGAGGTGTTCAGCTGTCTTCCTT C 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59904402 . T TCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCTAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTGCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGTTTCCCCCACGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTC 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59904405 . C CCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCCCACGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59906638 . C CCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGATCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCTAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGATCTACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCTGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGACCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCCGCCAACTGCCCCAGGTCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGTCACCTGTCCCAGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGT 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59912354 . A ATGATGATAATGATGGTGGTATGATGATGTGGATGGTAATGGTGATGATAACAGTGGATAATGATGGCAATGCAAGTGATGATATTGATGATGATGGTGATGACAGTGCTGATAATGATCATAATGGTGATGATGATGATGGTGATTATTGTAATAGTGATGACAGTGATGATGATAATGATGGTGATAAGAGTGGATAATGATAATAATGATGATGGTGATTTTAATAGTGATGATGATGTTAAGATGATTATGGTGATGATGATAGTGATGATGATGGTGATGATAACAGTGGATAC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59928659 . A ACTGCCTTCCTCCCCCTCCTCCCCATCTTTCTCCCCTTCCCCCTCCCCCCTCCTCTGTCTTCCCCCTACTCCTCCCCTTCTCCCTCCCCCTTCTCCCCCTCTTCCTCCCCTTCCCCCCTCCTCTTCCCCCCTCCTCCTCCTCCCCTTCCCCCTCCCATTACCCCTTCTCCTCCTCCTCTTCCTCCCCCTCCTCCTCTTCTTCCTCCTCTTCCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTCCTCCCCCTCCCCCTGTTCCCCTTTTCCTCTGGAAGGCGATGAGAATACAGTATGATGATTCACCCTTCCCCTCCCCCTCCCCCTCCCTCCTCCTCCCCCTACTCTTCCTCCCCCTCCTCCTCCCTCTCCCCTCCCTCTCCTTCCCCTCCCTCCTCCTCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCTCTTCCCCCTCCTCCTCTTCTTCCTCCCTTCCCCCTCCTCCTCCTCCCTCTCCTCCTCCTCCCCCTGTTCCCCTTTTCCTCTGGAAGGTGATGAGAGTACAGTATGATGATTCACCCTCCCCCCCCCTCCTCCCTCCCCCTCCCCTCCTCCTCCTCTTCCCCCTCCACCTCTT 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59951039 . T TTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTGATGATAGTGGGGTTTATTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGCTGATAATGGTGTGGTTTGTTGATGATAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGGTGGCGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTATGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTGGTGGTGATGATGTAGTTTGTTGATGGTAGCGTGATGTTCTTGGTGCTGGTGGTGGTGATGATGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATAGTGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGATGCTGGTGATGGTATTGGTGATGGTGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTCGTGGTGGTGGTGTGGTTTGTCGATGGTAGTGTGGTGGTCTTGGTGCTGGTGGTTGTCGTGTGGTTTGTTGATGGTAGTGTGATGGTCTTGGTGCTGGTGGTGGTGATGTGGTTTGTTGATGATAGTGTGATGGTCTTGGTGGTGGTAGTGATGGTGTGGTTTGC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59958678 . G GATACATATCTATATATGATATATATGAATATATGAATATATGATACGTATGAATATATATGATATATATGGATATATGATACGTATGAATATATATCATATATGTATATATGATATGATATATATATGAATATATGATATATATGAACATATATATGGATATTATGAATATATATGATATATATGAATATATATGGATATATATGAATATATATGATATATGAATATATATGGATATATATGAATATATATGATTGATATATATCATATATGTATGCATATATGTGATATATATCATATATGA 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59958834 . TATATATGAAGATATATATGC T 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59965316 . C CGGTCATAGGGTGCCCATAGTGCCGTGTCTGGGAAACCCCGATTGAGATCGTGCAGTCATAGGGTGCCCATAGCACCATGTCTAGGAAACCCCGATTGGGTTCGTGCAGTCGTAGGGTGCCCATAGTGCCGTGTCTGGGAAACCCCAATTGAGATCGTAT 0.6 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59965633 . G GCGGTCATAGGGTGCCCATAGTCCCGTGTCTGGGAAGCCCCAATTGAGATCGTA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59965721 . A AACCCCAATTGAGATCGTACGGTCATAGGGTGCCCATAGTGCCGTGTCTGGGAAACCCCGATTGAGATCGTGCGGTCATAGGGTGCCCATAGCACCGTGTCTGGGAG 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59974166 . AAAAACCCACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCCGGACTGCGGACTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCTTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCATGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCTTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCATGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGCC A 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0
chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59777010 . C CCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59777553 . G GTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCTCCATCCTCACTCAGGACACTCCATGGTGTCACCTCCATCCTTACTCAGGACCCTCCATGGTGTCACCGCCATCCTCACTCAGGACCCTCCATGAGTGCCACCTCCATCCTCACCAGGATCCCCTGTAA 0.5 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59804673 . GATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT G 1.2 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59848584 . T TTGGGGAGTACCGTGTGCAGTTTGGGGGAGTATTGGGGGAGTACCATGTGCAGTTTGGGGGAGGACCATGTGCAGTTTAGGGGAGTACCGTGTGCAGTTTGGGGGAGTATTGGGGAAGTACCATGTGCAGTTTGGGGGAATACCATGTGCAACTTGGGGGAGTACCATGCACAGCTT 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59858360 . G GGTGTGTGATGTACGTGCATTTGCACGCGTGTGCTGTGGC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59858389 . C CGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGATGTGTGTGCGTTTGCACGCGCGTGCTGTGGCGTGTGTGAT 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59865298 . GTTTATCCCGATATCCAATGAGACTTGCTGGA G 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59884412 . CGAGTTTCCAGAACCATGCAGGTGTGCATAGAGGTGTTCAGCTGTCTTCCTT C 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59904402 . T TCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCTAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCTCATGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTGCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGTTTCCCCCACGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCTCGTGGGTCTGGGACGTGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCAGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTC 0.3 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59904405 . C CCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTTCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCACTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTTCCCCCACGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCGTGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGATCCTCATGGTCCCCCCGTGGGTCTGGGACGCGGGTCGAGGTGGCTTTAAGCCCAGTGTGCTGCGGTGGATTGCAGCATGCGTGGAGGGCACCCAGGTCCTCATGGTCCCC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59906638 . C CCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGATCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCTAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCTCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGATCTACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCTGGCCACCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGACCCGACCACCTCCCCCAGGCTCACCTCCTGCCCCGACCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCAGACCCACCTCCTGCCTCAGCCACCTGCCCCAGACTCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGAGCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTACCCCAGACCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCCGCCAACTGCCCCAGGTCTACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGTCACCTGTCCCAGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGCCCCAGGCCCACCTCCTGCCCCGGCCACCTGT 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
chr20 59912354 . A ATGATGATAATGATGGTGGTATGATGATGTGGATGGTAATGGTGATGATAACAGTGGATAATGATGGCAATGCAAGTGATGATATTGATGATGATGGTGATGACAGTGCTGATAATGATCATAATGGTGATGATGATGATGGTGATTATTGTAATAGTGATGACAGTGATGATGATAATGATGGTGATAAGAGTGGATAATGATAATAATGATGATGGTGATTTTAATAGTGATGATGATGTTAAGATGATTATGGTGATGATGATAGTGATGATGATGGTGATGATAACAGTGGATAC 0.4 NoCall . GT:GQ:DP:AD:VAF:PL ./.:0:0:0,0:0:0,0,0
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